筆者の予測になりますが、何らかの原因(強制終了等)でセーブデータや設定ファイルが破損し、
上手くロード出来なくなる事で発生されると予測しています。間違っていたらゴメンナサイ。

エクスプローラーを開いてください。
C:\Program Files (x86)\Steam\userdata\(***SteamID***)\287700\local

***SteamID***には自分のIDが入ります。サブ垢でログインした事がある方などはフォルダ数が多いか、287700フォルダがある方を選択して下さい。

localフォルダ中のファイルをzipに纏めるなどしてバックアップを取り、すべて削除してください。

セーブデータや設定、グラフィック設定などの設定が(恐らく)すべて初期化されます。

SteamライブラリからMGS:TPPを指定し、右クリックからプロパティに飛んでください。
「ベータ」タブから、バージョンを「mgs_tpp_ver_1_0_2_2」に変更してゲームを起動してください。
正常に起動出来たらMGS:TPPを終了し、元のバージョンに戻してもう一度起動してみてください。

正常に起動出来て、セーブデータも消えていなければ修復成功です。

解決法1.の場合、筆者は全データを削除したらキプロス病院スタートになりました。
ですが最初からその位置でセーブしてた可能性もあるので検証不足です。
もしかしたらデータ飛ばないで修復出来るのかもしれないですし、
もしかしたら全部飛んで治らないかもしれません。

ただ、自分はこれで起動自体はするようになったので満足しています。
また、localフォルダ中の特定のファイルのみを削除すれば、データは消えず修復だけ可能かもしれません。


またフレンドからの情報ですが、解決法2.を試したらデータも消えず完全な修復が出来たそうです。
ドライバの入れ直しや再インストール、整合性確認でも出来なかったそうですがこの方法で成功したそうです。