Что же случилось с Хьюи,после того как его отправили в свободное путешествии в море?
Да ничего хорошего,он создаёт новую семью,но не выдерживает и заканчивает свою жизнь самоубийством.(Да вот настолько его не любили разработчики)

В 2005 году переберется на Аляску и хотел обеспечить себе спокойную старость,но был убит киллером.

Сам же герой этой игры,Снейк фантомная копия настоящего Большого Босса,создана изменником Ахава,путём гипноза,внушения,пластики.
После законченого сюжета стал дальше развивать Diamond dogs и в последствии начал работать с настоящим боссом,они стали массово производить Metal gear для борьбы с Зеро и его организации,но прожил он недолго,в 95 году он был убит братом-близнецом Элаем.

Элай прожил достаточно красочную жизнь и был убит в 2005 году.
Оцелот пересадил себе его руку,в которой осталось сознание Элая и Элай захватил сознание Оцелота,став лик-видом Оцелотом,убитым в 2014 году.
(Я до сих пор не могу понять сюжет про Оцелота и Элая.Зачем он это сделал?)

Настоящий Биг Босс так и продолжил борьбу за мир во всём мире своим методом, а также выступал против Зеро.В конечном итоге он победил в этой схватке.
В возрасте 79 лет умер на могиле убитой им своей наставницы Босс.
Биг Босс перед своей кончиной дал знать,что никто не должен умирать за дело других,люди должны в себя верить и продолжать своё дело и это решение в конце концов станет правильным,потому что никто не укажет человеку на его ошибки лучше него самого.

Старался как можно кратче, а про Миллера совсем кратко)
К сожалению или нет,нам не рассказывают про судьбу персонажей после сюжета.
Надеюсь ко мне вопросов нет,если есть то к Кодзиме, ну а я с вами прощаюсь.