Takipçilerin ve birincil düşman olan Alduin'in dışında, Skyrim'in planında öne çıkan NPC'ler arasında Balgruuf, Jarl of Whiterun; Greybeard rahiplerinin lideri Arngeir; Delphine ve Esbern, Blades'in son üyelerinden ikisi, Büyük Savaş sırasında büyük bir kısmı yok edilmiş bir savaşçı birliği; ve Greybeards'ın hayatta kalan son ejderhası ve büyük ustası Paarthurnax vardır. Ayrıca, Skyrim'de General Tullius ve Elsif, Jarl of Solitude tarafından komuta edilen Empire's Legion'a karşı bir isyana öncülük eden Windhelm Jarl'ı Ulfric Stormcloak; Dragonborn, iç savaşta zafer kazanmak için her iki tarafa da katılabilir ve yardım edebilir. Dragonborn'un katılabileceği diğer gruplar şunlardır: Asil bir savaşçı düzeni olan Yoldaşlar; büyülü sanatlara adanmış bir kurum olan Winterhold Koleji; zor zamanlar geçiren bir hırsızlar birliği olan Hırsızlar Loncası; ve Karanlık Kardeşlik, bir suikastçılar birliği.

Oyuncu karakterinin Skyrim'in güneyindeki küçük bir yerleşim yeri olan Helgen'deki İmparatorluklar tarafından infazı, Alduin köyü harap etmeye başladığında kesintiye uğrar. Oyuncu, kalenin altındaki tünellerden kaçmayı başarır ve sakinleri oyuncudan kuzeydeki büyük bir kasaba olan Jarl of Whiterun'a ejderha saldırısı hakkında bilgi vermesini isteyen yakındaki Riverwood köyüne gider. Jarl Balgruuf ile görüştükten ve onun adına yakındaki bir höyükten ejderhalar hakkında bilgi içeren bir tablet aldıktan sonra, oyuncu yakınlara saldıran ve ruhunu emen küçük bir ejderhayı öldürür. Bağırmadan sonra, oyuncuya Dragonborn olmaları gerektiği bildirilir ve yakında Greybeard rahipleri tarafından çağrılır. Uzun bir yolculuktan ve Tamriel'in en yüksek dağı ve Bozsakalların evi olan Dünyanın Boğazı'na tırmandıktan sonra, Dragonborn, Arngeir tarafından mirasları ve Alduin'i durdurmadaki rolleri hakkında bilgilendirilir ve eğitimlerine başlar.

Dragonborn, eski zamanlarda Dragonborn'a hizmet etmiş olan Blades tarikatının bir üyesi olan Delphine tarafından bir eğitim görevinde ele geçirilir. Delphine, Dragonborn'un bilgi almak için Thalmor Büyükelçiliği'ne sızmasını sağlar; Blades'in Esbern adlı başka bir üyesinin Riften'de saklandığını öğrenirler. Delphine ve Dragonborn onu bulduğunda, antik Bıçakların Skyrim'in batısındaki istikrarsız bir bölge olan Menzil'deki bir tapınakta büyük bir gravür oyduğunu ortaya çıkarır. Alduin Duvarı adı verilen bu oyma, ejderhanın kadim Nordların elindeki yenilgisini tasvir ediyordu ve Esbern, bu savaşçıların onun uçma yeteneğini ortadan kaldırmak için özel bir haykırış kullandığını deşifre etti.


Dragonborn, bağırışın Greybeards'ın inançlarına aykırı olduğunu ortaya çıkaran Arngeir'i sorgular. Varlığını daha iyi gizlemek için Dragonborn'u Boğaz'ın zirvesinde yaşayan Paarthurnax'a yönlendirir. Paarthurnax, ne kendisinin ne de başka birinin bu çığlığı bilmemesine rağmen, Alduin'in bir Kadim Parşömen'in gücüyle yenilmesinin zaman içinde bir yarık bıraktığını belirtir. Bir Parşömen okumanın Dragonborn'un zamana bakmasını önerir. Yerin çok altında, Blackreach adlı devasa bir Dwemer şehrine giren Dragonborn, Parşömen'i alır ve antik savaşın yeri olan Boğaz'da okur. Alduin gelir, bağırmayı öğrenen ve kaçan Alduin'i alt eden Paarthurnax ve Dragonborn ile savaşır.


Dragonborn, Esbern'den Jarl Balgruuf'un yardımıyla Whiterun'da tuzağa düşürdükleri Odahviing adlı bir ejderhayı nasıl çağıracağını öğrenir. Dragonborn'un Alduin'den daha güçlü olduğuna inanan Odahviing, eski liderine sırtını döner ve gücünü Nordik'in öbür dünyası olan Sovngarde'ye geri kazanmak için gittiğini açıklar. Sovngarde portalına yürüyerek ulaşılamadığı için Odahviing, Dragonborn'u oraya uçurmak karşılığında özgürlüğünü pazarlık eder. Sovngarde'a giren Dragonborn, Alduin'i ilk başta yenen üç kahramanla tanışır;