西元2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，还导致到世界大战。最后，世界人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国属下的秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
西元2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。西元2010年，GEHIRN被改建成NERV。
西元2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻。NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波丽等人。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行他自己的计划。随着时间推移，碇源堂的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。最后，NERV于SEELE的矛盾激化，SEELE讹称NERV企图引发第三次冲击，挑动国联派出军队抹杀NERV，在国联部队占领了NERV后，SEELE发动了人类补完计划。