とりあえず日wikiのMODページ[wikiwiki.jp]を読んでください。基本的にはあっちに私が全部追加してるので。
個人的な主義として版権もののMODをwikiに追加したくなかったのでガイドとして記載することにしました。

あと一部MODはMint(DRG Mod Integration)[github.com]じゃないと機能しなかったりするので、内蔵されてるMODマネージャーは使わない方がいいかもしれないです。
まあ多分どっちでもいいです。

・Dynamic Laserpointer Marker (Blue Archive)[mod.io]
レーザーポインターでマークした時のマーカーを動的なものに変更する。
視認性がだいぶ上がってマークを見逃すことが減るのでおすすめ。

・Custom Shader[mod.io]
シェーダーを変更できるようにする。
Cel Shaderに設定するとボダランみたいなグラになるのでお気に入り。
ただしCel Shaderは暗視できちゃうので注意。
初心者っぽいスカウトさんと一緒に遊ぶ時に便利。

・Payday 2 Assault Banner[mod.io]
スウォーム発生時などにPayday2風のバナーが表示されるようになる。

・Alternate Player List UI[mod.io]
5人以上のプレイヤーで遊ぶ人向けのステータス表示MOD。
基本使わないけど弾薬チート使ってる人を見分けられるので地味に便利。

・Missions HUD[mod.io]
スペースリグにいる時に、画面右端にミッションリスト等を表示する。
Mintを使う場合は追加でDLLを入れる必要がある。
詳しくはピン止めされたコメントを参照。

・Ammo Percentage Indicator Extended[mod.io]
所持弾数の割合を表示する。
MOD側の実装の問題でMintを使用するとゲームが開始しなくなるため、パッチを入れる必要がある。
詳しくはこちら[github.com]を参照。

・Kill Streak[mod.io]
Helldivers 2風のキルストリークを追加する。
アイコンが小さくて見づらいけど機能そのものは悪くないと思う。
アプデでサイズ調整機能つくまでは入れんでいい。

・Damage Meter / Friendlyfire Meter[mod.io]
敵に与えたダメージと受けたダメージの総数を画面に表示する。
ホストの場合は問題ないけど、クライアントの場合はホストがこのMODを導入してないと意味ないので注意が必要。

・Half Life medstation sound for resupply[mod.io]
補給ポッドを使用した時の効果音をHalf-Lifeのものに変更する。

・Legend of Zelda: Ocarina of Time for Cargo/Gear[mod.io]
物資箱を開けた時の効果音を、ゼルダの宝箱を開けた際の効果音に変更する。

・You have been spotted by Caveleech![mod.io]
ケーブリーチの効果音を、メタルギアのアラート音に変更する。
不意打ち気味に捕まれることが激減するのでおすすめ。

・15.AI GLaDOS Mission Control[mod.io]
ミッションコントロールの音声をAI生成したGLaDOSのものに変更する。
最終更新が結構前だから新しめのボイスは差し替え対象になってないので注意。

・Text to Speech Doretta[mod.io]
ドレッタが喋るようになる。

・Portal Sentries v2[mod.io]
・SpaceSpector[mod.io]
・WheaTaker[mod.io]
・DefectiveDrones[mod.io]
・Turrosco[mod.io]
様々な効果音をPortalシリーズの音声に変更する。
オールインワンのPortal Sounds Modpack[mod.io]があるけど、他MODとの兼ね合いの都合上で個別導入してる。

・Vay Hek Nemesis[mod.io]
・Corrupted Vor Haunted Cave[mod.io]
ネメシスと未知の脅威の効果音をWarframeのVay HekとCorrupted Vorに変更する。

・CRSPR SFX Replacement[mod.io]
・Cryo Cannon SFX Replacement - Tastes Like Warframe[mod.io]
・Corrosive Sludge Pump SFX Replacment - Stug[mod.io]
・Subata 120 SFX replacement - Magnus Prime[mod.io]
・EPC SFX Replacement - Simulor[mod.io]
・Azusa's Wave Cooker Sound Mod[mod.io]
・Lead Storm SFX replacement - Stinger Minigun[mod.io]
・Thunderhead SFX Replacement - Leviathan turret[mod.io]
・Hurricane SFX Replacement - Cicada[mod.io]
・CoD:MW2 Anaconda (.44 magnum) Sounds for Bulldog[mod.io]
・Azusa's BRT7 Sound Mod[mod.io]
・ArmsKore SFX Replacement - Tunguska Cannon[mod.io]
・Deepcore GK2 SFX Replacement - Mausolon[mod.io]
・M1000 SFX Replacment - Grinlok[mod.io]
・Ferocious Plasma Carbine[mod.io]
・Boomstick SFX Replacement - Cedo[mod.io]
・Azusa's Zhukov Sound Mod[mod.io]
・Arknights Fartooth X-80 Crossbow Sound Replace[mod.io]
・Warthog SFX Replacement - Corinth Prime[mod.io]
・Stubby SFX Replacement - Quatz[mod.io]
・LOK-1 SFX Replacement - Pulse Rifle[mod.io]
・MW2019 M203GL Soundpack for Deepcore PGL[mod.io]
・Line Cutter SFX Replacement - Corpus[mod.io]
・Shard Diffractor SFX Replacement - Wisp[mod.io]
・Pressurized Platform Gun Sound Mod[mod.io]
・Grenade SFX Replacement - Dumb Warframe References[mod.io]
各種装備の効果音差し替えMOD。
この手のやつは探せばいくらでもあるから何入れるかは好みでいいです。

・Jet Boots SFX Replacement - Grineer jetpack[mod.io]
ジェットブーツの効果音を、WarframeのKahl-175が使ってたブースターのものに変更する。

・TF2 Crit Sound Effect for Weakspot Hits[mod.io]
・Clear Weakspot Hit Sounds[mod.io]
弱点に命中した時の効果音を変更する。どっちか好みで入れる。(私は2つ目の方入れてる)
実はバニラから弱点命中時に効果音が鳴ってるらしいけど、少なくとも私はこのMOD入れるまで全然気づきませんでした…。

・Silly Sound Effects[mod.io]
・Cartoon Construction Sounds[mod.io]
・Classic Cartoon Dash Sound Replacer[mod.io]
各種効果音をカートゥーン風に変更する。
好みが分かれると思うので入れなくてもいい。

・Dramatic Explosion SFX[mod.io]
各種爆発音を変更する。
個人的にはバニラの爆発音の方が好き。

・O2 Alarm Replacement[mod.io]
低酸素時の効果音を変更する。

・Glyphid Stalker is Warframe Stalker[mod.io]
グリフィットストーカーの音声をWarframeのストーカーに変更する。

・System Shock 2 Hacking sounds[mod.io]
ハッキング時の効果音をSystem Shock 2のものに変更する。

・Bird3 Bartender[mod.io]
ロイド(アビスバーの店主)の音声をWarframeのBird3に変更する。

・Grendel Shellback[mod.io]
シェルバックの音声をWarframeのGrendelに変更する。

・Karl ？Thor！[mod.io]
スカウトのブーメランをトールハンマーに変更する。

・Dynamic Cylinder Swap[mod.io]
ガンナーのリボルバーのシリンダーを正確にする。

・Mario-Themed Collectibles[mod.io]
ミッションのサブ目標の収集物をマリオシリーズの外見にする。
化石の視認性がバカ程上がるのでおすすめ。

・Squeaky Toy Hammer[mod.io]
エンジニアのタレット設置時などに使用するハンマーの見た目と効果音をおもちゃのハンマーに変更する。
modioのバグ(？)でMintを使用しないと効果音しか変更されないため注意。

・Classy Seats[mod.io]
ドロップポッドの座席を、各クラスの色を模したものにする。
Mintを使用しないとMODが反映されないため注意。
自分はERR://23¤Y%/ Collection[mod.io]とセットで使ってる。

・Spiffy Sentries[mod.io]
・Kerfur Sentry[mod.io]
エンジニアのタレットの外見を変更する。
お好きな方をどうぞ。

・Brighter Aquarqs[mod.io]
Brighter Objects[mod.io]を導入してる人向けの追加MODで、地形に埋まってるアクアークをより明るくする。
アクアークが見づらいと感じるなら入れていいけど、個人的には眩しくなりすぎると感じるから入れてない。

・Corpse Feeder Removal[mod.io]
虚ろの大樹に出てくるコープスフィーダー(壁から出てくる無害な虫)を非表示にする。
苦手な人は入れておいた方が精神的にいいと思う。
自分はClutter Be Gone![mod.io]で諸々まとめて消してるから入れてない。

・Custom Vanity Framework[mod.io]
・Pacagma's Custom Vanities[mod.io]
・hand drawn cosmetics - custom vanity pack[mod.io]
コスメの種類を増やす。
とりあえず入れとけ枠。(多分)
これに入ってるドット眼鏡＋バニラのサンタ帽を組み合わせるのが個人的お気に入り。

・Bosco Chan Stands [Anime][mod.io]
ボスコちゃんをスペースリグに追加する。
そもそもボスコちゃんってなに？？？？まあかわいいからいいか…。
なんか元の絵師に許可取ってるらしいから合法な気もするけど割と怪しいからwikiには追加しないつもり。

・Inspect Animations when pressing R[mod.io]
・More Gunsling Animations[mod.io]
マガジン最大時にリロードすると出るモーションの種類を増やす。
…んだけどいつの間にか機能しなくなってるっぽい。
現状は入れなくてもいいけど、アプデで直ったら是非入れてほしい。

・Fast Deposit[mod.io]
モリーに鉱石入れる時に武器ガチャガチャしながら入れると早くなるやつを自動化する。
Quick Reload[mod.io]と違って何故かApprovedになっちゃったけど、多分Mint経由ならこれ入れてもバニラ部屋に入れるはず？
正直あんまり早くなってる気がしないから自分は入れてない。

・Quick Pickaxe[mod.io]
つるはしで敵やらサブ目標の収集物やらを殴る時に、つるはし命中のタイミングでいったんボタン離してモーションキャンセルすると早く殴れるようになるやつを自動化する。
地形掘るのはそこまで早くなるわけじゃないし、敵殴るのは手動でもさほど難しくないから自分は入れてないです。

・Skip Start Screen[mod.io]
ゲーム起動直後の画面(任意のボタンを押さないとゲーム開始されないやつ)をスキップする。

・All Previous Campaigns Available[mod.io]
過去のアサインメントを自由に受けられるようにする。

・Shout Framework[mod.io]
ミッションコントロールとドワーフの音声差し替え系MOD用フレームワーク。
ShoutBoard[mod.io]の機能も統合されていて、自分が導入してるのはそれが目当て。
キノコをマークした時のセリフ(Mushroom!)を好きに発言できるようにするガイドを書いた方がいるので、使い方はそちらをどうぞ。
https://steamproxy.net/sharedfiles/filedetails/?id=3232292202

・Silent But Deadly (fart blocker)[mod.io]
Shout FrameworkのShoutBoard機能で再生できる下品な音声をミュートにする。
自分は下品なやつ連打してる人に遭遇したことないけど自衛のために入れた方がいいかも。

以上、自分が個人的に入れてるMODの紹介でした。
今後も増えてくかもしれませんが、まあ気が向いたら追加すると思います。