13 271-й год нашей эры. Человечество уже колонизировало тысячи планет, образовав процветающую империю. Именно в этот момент синяя жидкая субстанция - Крипер, впервые нанесла удар, сметая всё на своём пути на каждой планете и убив более 500 миллиардов людей...
Город-корабль "Один-Сити" - последний оплот человечества, вмещает в себя последних 50 тысяч человек. Город был построен до нападения группой последователей странного Старика, который предсказывал наступление гибели человечества.
Теперь командир Скарсгард Абраксис (сокращённо Скарс) у руля города, вместе с неназванным Оперативником. Самого Старика не было, но в данных городах были оставлены координаты других планет, предположительно Старик оставил их. Крипер начал захватывать планету, на которой стоит город, однако Один-Сити уже готовится к своему первому прыжку в Рифтовый Разлом, начав своё великое путешествие.

Рифтовые разломы позволяют совершать межпланетные путешествия. Самый распространённый способ - заряжать "тотемы" Разлома. Тотемы были специально изготовлены и размещены на каждой планете, на которой ступала нога человека.
Скарс набирает координаты и активирует разлом. Первый прыжок через Разлом наносит ущерб городским данным, теряя схемы и большую часть координат от Старика. Из-за этого приходится подбирать все найденные схемы с других планет. По мере того, как город переходит из планеты в планету, обнаруживается, что схемы удобно расположены, давая городу преимущество над Крипером.

Прибыв на планету Цетус мы в отчаянии не знаем, куда отправляться в следующий раз, разве что на случайную планету, поскольку координат больше нет. Однако Оперативник обнаруживает на сканере странный артефакт. Подобрав и проанализировав, мы находим в нём новые координаты. Помимо этого, мы узнаём, что артефакт является древним и невозможным. Координаты были вырезаны на нём в 2010 году, когда даже полноценных межпланетных перелётов не было. Откуда могли взяться координаты в те годы?

Мы переносимся на Корвус, некогда прекрасная курортная планета, которая славилась своим пышным океаном. Теперь она представляет сухие, безжизненные скалы. Оперативник сообщает о целых спасательных капсулах, разбросанных по планете. Мы решаемся незамедлительно эвакуировать капсулы в город, пока их не уничтожит Крипер. Мы успеваем эвакуировать все капсулы, тем самым спасая 27 человек. Один из выживших рассказывает нам, что они — команда научной экспедиции, находившейся во внегалактическом глубоком космосе последние 20 лет. Они только что вернулись в нашу галактику и обнаружили, что каждая планета, которую они посетили, была покрыта Крипером. В конце концов, у них закончилось топливо, и они устроились на орбите вокруг этой планеты. Там они остались, пока больше не смогли поддерживать орбиту. Они только что вошли в спасательные капсулы и разбились на поверхности за мгновения до прихода Один-Сити.
Помимо этого, один из выживших утверждает, что более двадцати лет назад к нему обратился некий Старик. Он получил от Старика странный камень, прежде чем он и его команда отправились в свою экспедицию. Старик сказал ему, что этот камень сохранит его и его команду в безопасности на протяжении их пути. Ему также было сказано, что однажды, в момент наибольшей необходимости, другие великие путешественники найдут его команду и спасут... И что в этот день камень найдёт новый дом у лидера этих других путешественников.

Улетая с Корвуса мы переносимся на Драко... Планета, которая и без прибытия Крипера была безжизненной, а с ним она стала полным кошмаром. Отсканировав планету, мы обнаруживаем артефакт. Затем забрали его, однако он оказался зашифрованным, нам придётся подождать расшифровки от учёных.

Один-Сити продолжает своё великое путешествие. Прибыв на планету Октан, мы обнаруживаем, что здесь Крипер начал производить воздушные споры, против которых у нас нет защиты. Однако нам везёт: до нашествия Крипера на планету регулярно падали метеориты, поэтому местные жители использовали ракетное ПВО против метеоритов. Мы находим эту технологию и используем её против воздушных спор Крипера.
Помимо этого, учёные Один-сити во время всего нашего путешествия исследовали источники Крипера и, наконец, выявили слабое место. Если добраться до источника, наш бластер своим выстрелом сможет заблокировать на короткое время генерацию Крипера.

Во время прибытия на следующую планету, наши учёные сумели расшифровать артефакт, который находился на планете Драко. Этот артефакт содержал информацию об улучшении практически всех наших технологий. Однако половина наших технологий была разработана за последние 5 лет, а сам артефакт был создан много тысяч лет назад. Это делает этот артефакт невозможным...
Учитывая прошлые артефакты, Скарс уже не удивляется этому. Он приказывает Оперативнику адаптировать и внедрить эти улучшения в базу данных Один-Сити.

Продолжая путешествие, мы прибываем на планету Канис. Оперативник снова обнаруживает артефакт на сканере, мы подбираем его. Артефакт невероятно отличается от всех прошлых. Он был создан за несколько минут до нашего прибытия, при этом сама планета охвачена Крипером уже более 5 лет. Сам артефакт содержал чётко обозначенные координаты следующих планет для путешествия, а также подписан именем, "Платиус".
Оперативник: Это имя вам о чем-нибудь говорит, командир?
Скарс: ... Да ...

Один-Сити продолжает следовать по координатам, из планеты в планету. Мы прибываем на планету Пиксис. Оперативник сообщает, что рельеф планеты терраформирован и точно не местными жителями. Помимо этого, возведена стена, которая обхватывает сразу 3 источника Крипера. Без этих стен Один-Сити разрушился бы за считанные минуты, но теперь у нас есть время хорошо подготовиться. Помимо этой новости Оперативник решается спросить, кто такой Платиус? Скарс решается ответить...

Скарс объясняет оперативнику, что он обязан жизнью Платиусу, и есть только одна вещь, которую он знает о нём. Когда Скарс был младенцем, его спас неизвестный человек во время нападения на его родную планету. Его привезли на другую планету, где его воспитывали приемные родители. Человека, который спас юного Скарса, никто не видел, но от него осталась записка: "Скажите младенцу, что меня зовут Платиус".

На текущей планете мы находим и подбираем очередной артефакт. На этот раз артефакт содержит прямое обращение к Скарсу: "Приветствую тебя, мой молодой друг. Ты многое пережил. Меня очень радует, что ты и твой народ добрались до сюда. На протяжении всей вашей истории я всегда верил, что вы сможете дойти до этого момента. Другие были не так уверены... У тебя впереди последнее задание, и ты знаешь, что тебе следует сделать." - Платиус.
Скарс приказывает набрать координаты последней планеты из списка.

После прибытия Оперативник, паникуя, сообщает, что планета содержит непреодолимое количество Крипера, а также существование Нексуса Крипера. Мы никак не сможем добраться до тотемов. В лучшем случае мы застрянем здесь навсегда, борясь с Крипером... Скарс не унывает, веря, что найдётся способ выиграть в этой схватке.
Вся история человечества и его будущее в наших руках, Один-Сити не должен пасть...
Нексус связался с Один-Сити и в примитивной форме заявил о своей цели — уничтожить их прямо здесь.
Во время битвы человек, назвавший себя Платиусом, неожиданно связывается с Один-Сити, приветствуя Скарса. В то же время неподалеку появляется новый объект. Платиус говорит, что Скарсу следует извлечь нечто из этого объекта, используя камень, полученный ранее от спасённой экспедиции. Этот камень является ключом. Платиус прерывает связь, Скарс начинает делать всё возможное, чтобы забрать и открыть объект. Использование ключа раскрывает схему нового оружия – могучий корабль Тор – теперь в распоряжении Один-Сити. Построив корабль, Скарс решается взять на себя лично управление Тора, уничтожая немыслимое количество Крипера, однако сами источники всё так же неуязвимы. Внезапное преимущество позволяет Один-Сити, теперь под управлением оперативника, проложить путь к тотемам и активировать разлом.

Скарс приказывает ввести координаты, не сказав Оперативнику, куда они ведут. Активировав разлом, Оперативник в ужасе кричит, что координаты введут прямо в чёрную дыру в центре галактики. Разлом втянул в себя все постройки Один-Сити, а также все источники Крипера и Нексус. Один-Сити тоже постепенно затягивает в разлом. Скарс решается направить Тор в разлом, в надежде закрыть его, жертвуя собой ради будущего человечества.
Берегите город… Для меня было большой честью руководить нашим народом!
После этих слов корабль направился в сторону Разлома. Войдя в него, корабль взорвался, высвободив огромное количество энергии, тем самым запечатав разлом...
Но в последний момент Платиус спасает Скарса, вытаскивая его из корабля. Нексус побежден, Скарс жив, Один-Сити спасен.

В мире, который наступает после этого, Платиус решается ответить на вопросы Скарса. Скарс спрашивает, кто такой Платиус и откуда взялся Крипер. Платиус объясняет, что не всё так просто. В первую очередь, Вселенная — всего лишь маленькое зёрнышко в огромном пространстве мультивселенной. Пространство почти бесконечно и простирается далеко за пределы того, что человечество называет наблюдаемой вселенной. Крипер - выродившаяся (дегенерированная) форма расы под названием Локи. Локи были одними из первых, восходивших к величию. Они соперничали с народом Платиуса в силе и мудрости. Но, заглянув в другие реальности, Локи изменились, они превратились в силу разрушения, стремящуюся уничтожить все остальные расы и достичь "чистоты небытия" превыше всего. Платиус рассказывает, что его народ боролся с Локи миллионы лет и пожертвовал собой, чтобы уничтожить Локи. В конечном счете, Платиус оказался единственным выжившим, но Локи не был до конца уничтожен, остался 1 Нексус. Платиусу пришлось продолжить дело своего народа, когда Локи снова опустошил миры, где возникла и выросла новая жизнь. Сам Платиус является тем самым "человеком", которого называли Стариком. Платиус говорит, что Земля обладала огромным потенциалом для борьбы с Локи. Десятки миллионов лет назад он был на земле, именно благодаря ему "упал метеорит" убивший динозавров, дав возможность для появления древних предков людей. Платиус всегда следил за людьми, постепенно их "поощрял" различными способами, на протяжении всей их истории. Чтобы затем подготовить людей к борьбе с Локи. Скарс решает задать ещё вопрос, но Платиус его перебивает.

Платиус: Мне пора идти. Не волнуйся, я не задержусь. Тебе еще многое предстоит сделать для своего народа. Я возвращаю тебя сейчас в твой великий город. Веди свой народ к величию… Командир.
И, о да, не расслабляйся. Потому что скоро ты мне снова понадобишься.
Возможно, однажды мы все одержим победу над последним Нексусом Локи…
Прощай, мой юный друг, прощай.

Нексус - В случае Creeper World, это "улей", состоящий из существ, каждое существо является неким узлом/элементом, который в совокупности образует единый организм с разумом и большой силой.
Выродившаяся раса - Раса, которая потеряла или исказила свои первоначальные характеристики или качества, потеряла свой интеллект, либо стала агрессивной и разрушительной. В нашем случае, по рассказам Платиуса, Крипер таким образом произошёл от Локи; однако, вероятнее всего, это ложь, скорее Крипер был искусственно создан Локи, судя по событиям 3 части игры.
Чистота небытия - в нашем случае, стремление Локи к уничтожению всех других рас.