ガレージで機体を組んで、いざミッションモードを開始したとき、組んだはずの機体が無くなっている。という経験をされた方はいるだろうか？
実は、ミッションモードのガレージはその他のモードとは別枠。おそらく、ミッションモードのみに存在する【パーツ集め】【パーツ強化】という２つの要素とその他のモードとの整合性を取るための処置だと思われる(根拠はない)。
以下にミッションモードの仕様について記載していく。

ミッションモードを進めていくと、企業情報のゲージが増減する。

青ゲージ：企業からの友好度。ミッションをクリアすると、ブリーフィング画面のクライアントにあたる企業からの友好度が増し青ゲージが増加する。
友好的な企業からはショップでパーツを購入できるようになり、有効度が増加するとパーツのグレードアップの上限が増加したり、スペシャルミッションを依頼してくるようになる。
ちなみにボディパーツはレベル５に達するとスキンが変化し名称に【Ⅱ】が付く。
武器パーツはレベル５、レベル10で2度スキンが変化し、名称に【Ⅱ】【Ⅲ】が付く。

赤ゲージ：企業からの敵対度。ミッションをクリアすると、ブリーフィング画面のターゲットにあたる企業からの敵対度が増し赤ゲージが増加する。
敵対的な企業はミッション中にランダムで刺客を登場させ、プレイヤーを襲う。

緑ゲージ：企業からの友好度が上限に達したことを示す。青ゲージを上げると依頼されるスペシャルミッションをクリアすると緑ゲージとなる。企業からオフィサーとして認められ、オフィサー専用パーツを購入できるようになる。
ちなみにオフィサー専用パーツは最初からレベルが10となっている。

その他
〇ガレージのパーツ選択画面でセレクトボタンを押すと、自分のガレージとショップとで画面が切り替わる。
〇入手したパーツはパーツスキンとしてその他のモードのガレージでも使用できる。パーツの強化が反映されるのはミッションモードのみでありスキン間の性能差は無い。よって対戦などでは平等な条件で戦うことができる。
注意点
〇ミッションモードを初期化すると、ミッションモードで使用できるパーツまで初期化されてしまう。ただしその他のモードのガレージのパーツスキンは残る。

ミッションを進めていくと、企業だけでなく派閥のゲージも増減する。

青ゲージ：派閥からの友好度。ミッションをクリアすると、ブリーフィング画面のクライアントにあたる派閥からの友好度が増し青ゲージが増加する。
有効度が増加するとスペシャルミッションを依頼してくるようになる。スペシャルミッションを全てクリアするとエンディングとなる。
ちなみに本作のエンディングは、派閥に加担せず50ターンまで進んだ場合の【ノーマルエンド】と、特定の派閥のスペシャルミッションを全てクリアした場合の、複数の【派閥エンド】が存在する。一度見たエンディングは、【コーデックス】→【カットシーン】で閲覧可能。
高難易度のミッションもあるが、是非とも全てのエンディングをその目で確かめていただきたい。

赤ゲージ：派閥からの敵態度。ミッションをクリアすると、ブリーフィング画面のターゲットにあたる派閥からの敵態度が増し赤ゲージが増加する。
敵対的な派閥はミッション中にランダムで刺客を登場させ、プレイヤーを襲う。

緑ゲージ：派閥からの友好度が上限に達したことを示す。青ゲージを上げると依頼されるスペシャルミッションを全てクリアすると緑ゲージとなる。青ゲージの欄に記載されている通り、派閥のスペシャルミッションを全てクリアするとエンディングとなるが、一部エンディングとならない派閥もある。