Нейтральные юниты не сражаются ни за одну из команд. А некоторые даже атакуют обе команды, чтобы помешать им продвигаться вперёд. Так или иначе, уничтожение нейтральных юнитов даёт бонусные награды и/или бафф и помогает команде доминировать на поле боя. По этой причине нейтральные юниты могут сильно повлиять или даже изменить ход сражения.
Art of War: Red Tides предлагает 3 карты: Лес эссенции душ, Чёрная шахта и Каньон заката, на которых обитают различные нейтральные юниты. Уничтожив их, можно получить разные награды.

• Драконье яйцо: даёт 15 ед. опыта игроку, который уничтожит его, и 150 эссенции каждому участнику команды этого игрока.
  
• Большое драконье яйцо: даёт 60 ед. опыта игроку, который уничтожит его, и 600 эссенции каждому участнику команды этого игрока.
  
• Дракон эссенции душ: даёт 300 ед. опыта игроку, который уничтожит его, и 1500 эссенции каждому участнику команды этого игрока. Останки дракона создают зелёный туман, который длится 54 секунды. Юниты, проходящие через туман, вернут командиру(ам) 3% своей стоимости после смерти.
  
• Опыт ускоряет получение очков технологий.

• Золотой ящик: даёт 15 золота каждому участнику команды, сломавшей его.
  
• Большой золотой ящик: даёт 60 золота каждому участнику команды, уничтожившей его, и помогает этой команде.
  
• Механогончая: даёт 150 золота каждому участнику команды, уничтожившей её, и помогает этой команде.
  
• Когда Механогончая начинает помогать команде, она имеет 1600 ед. здоровья, 60 ед. атаки, 6 ед. брони, и снижает дальнобойный урон на 10 ед. Наносит 50% зданиям.

• Статуя: даёт 15 ед. опыта игроку, уничтожившему её, и 1 очко популяции каждому участнику команды этого игрока.
  
• Капсула теней: даёт 60 ед. опыта игроку, уничтожившему её, и 3 очка популяции каждому участнику команды этого игрока. Также, из неё выйдет 3 теневых воина и будут помогать этой команде.
  
• Саркофаг теней: даёт игроку, уничтожившему его, 60 ед. опыта и 7 очков популяции. Также даёт 5 ед. популяции каждому участнику команды этого игрока.
  
• Повелитель теней: даёт игроку, уничтожившему его, 150 ед. опыта. Затем в течении следующих 108 секунд, все невидимые юниты этой команды получают дополнительно 20 ед. атаки и 10 ед. брони.
  
• Опыт ускоряет получение очков технологий.