ФБР появилось как организация Специальных Агентов 26 июля 1908 года по инициативе Генерального Прокурора, Чарльза Джозефа Бонапарта, во время президентства Теодора Рузвельта. Сначала организация получила название Бюро Расследований (BOI), а в 1932 году была переименована в Бюро Расследований Соединенных Штатов. В следующем году оно объединилось с Бюро Запрета (бюро по контролю исполнения «сухого» закона) и получило новое название Отдел Расследований (DOI). И только в 1935 году бюро получило нынешнее название — Федеральное бюро расследований. Директор бывшего BOI — Эдгар Гувер — стал первым директором ФБР и пробыл на этом посту 37 лет. После смерти Гувера законодатели изменили закон, ограничив пребывание будущих директоров максимальным периодом — 10 лет.

Благодаря работе специального агента Эдварда Этертона, Бюро узнало о планах проникновения мексиканской армии неореволюционеров через калифорнийскую границу в 1920-м году. В течение так называемой «криминальной войны» 1930-го года агенты ФБР арестовывали или убивали преступников, известных грабежами, похищениями людей и убийствами по всей стране, среди них: Джон Диллинджер, Малыш Нельсон, Элвин Карпис и Джордж «Автомат» Келли, Красавчик Флойд, Банда Баркеров-Карписа. Эти эффективные операции стали причиной появления ФБР, и дали серьёзный ответ нахлынувшей криминальной войне, которая особенно чувствовалось во время «Великой депрессии». ФБР также играло ведущую роль в уменьшении влияния Ку-клукс-клана. Научная Детективная Лаборатория Криминалистики, известная как Лаборатория ФБР, официально открылась в 1932 году, это было самым большим достижением Гувера.

Начиная с 1940 года и до 1970-х Бюро занималось расследованием случаев шпионажа против США и союзников. В годы Второй мировой войны было схвачено 8 нацистских агентов, готовящих акты саботажа.

В 1971 году была предана огласке секретная программа ФБР — COINTELPRO, действовавшая с 1956 года. В её рамках сотрудники ведомства занимались незаконными провокациями в отношении ряда общественных движений США.

В январе 1983 года в ФБР была создана Национальная группа по освобождению заложников — спецподразделение, основной функцией которого являлось проведение операций по освобождению заложников


Агенты ФБР Нью-Йорка
Предметом особого беспокойства ФБР является деятельность борцов за права животных. По данным агентства, ущерб от деятельности различных экстремистских групп, призывающих к освобождению животных и в связи с этим нападающим на научные лаборатории и ведущих поджоги, составил с 1979 по 2009 годы более 110 миллионов долларов США В своем докладе начальник секции отдела борьбы с терроризмом Дж. Джарбо в 2006 году назвал деятельность подобных организаций серьёзной террористической угрозой

Самой крупной операцией ФБР по числу задействованных агентов признаны аресты сотрудников полиции Пуэрто-Рико в октябре 2010 года, подозреваемых в коррупции и содействии наркоторговлей. Во время операции было арестовано около 130 человек, в ней участвовало около тысячи агентов ФБР.