Um aspecto restrito a Alemanha nazista que o distingue de outros assassínios colectivos foi a metodologia aplicada a grupos diferenciados. Foram feitas listas detalhadas de vítimas presentes e potenciais, encontrando-se, assim, registros meticulosos dos assassínios.
Quando os prisioneiros entravam nos campos de concentração ou de extermínio, tinham de entregar toda a propriedade pessoal aos Nazis - que era catalogada detalhadamente e etiquetada, sendo emitidos recibos. Adicionalmente ao longo do Holocausto, foram feitos esforços consideráveis para encontrar meios cada vez mais eficientes de matar mais pessoas. Por exemplo, ao trocarem o envenenamento por monóxido de carbono, usado nos campos de extermínio de Belzec, Sobibor, e Treblinka para o uso de Zyklon-B em Majdanek e Auschwitz-Birkenau, na chamada Aktion Reinhard.Ao contrário de outros genocídios que ocorreram numa área ou país específicos, o Holocausto foi levado a cabo metodicamente em virtualmente cada centímetro do território ocupado pelos nazistas, tendo os judeus e outras vítimas sido perseguidos e assassinados num espaço em que hoje existem 35 nações europeias e sido enviados para campos de concentração em algumas nações e campos de extermínio noutras nações.
Além das matanças maciças, os nazistas levaram a cabo experiências médicas em prisioneiros, incluindo crianças. O Dr. Josef Mengele, um nazi dos mais amplamente conhecidos, era chamado de Anjo da Morte pelos prisioneiros de Auschwitz pelos seus experimentos cruéis e bizarros.
Os acontecimentos nas áreas controladas pelos alemães só se tornaram conhecidos em toda a sua extensão depois do fim da guerra. No entanto, numerosos rumores, relatos e testemunhos de fugitivos e outros, ainda durante a guerra, deram alguma indicação de que os judeus estavam a ser mortos em grande número. Houve protestos, como em 29 de Outubro de 1942 no Reino Unido, que induziram figuras políticas e da Igreja a fazerem declarações públicas manifestando o horror sentido pela perseguição de judeus na Alemanha.